Tem toda a razão na sua pertinente dúvida.

Tradicionalmente, o prefixo latino co-, que significa «com», fica separado com hífen sempre que o elemento seguinte tenha vida à parte. Ora na decisão sobre «vida à parte» (excluindo assim a aglutinação) é que tem havido desentendimentos entre os lexicógrafos. A tendência, diz-se, é para a aglutinação, mas a nossa língua é avessa a palavras com muitas letras e compraz-se na pormenorização dos elementos das estruturas (ex.: o composto «ex-marido» não aceita mesmo a aglutinação, como se a palavra que se segue ao prefixo fosse impossível de lhe ficar aglutinada: já não há união matrimonial, mas tornou-se inesquecível que é (foi) «marido», só que sem «nenhuma» ligação íntima agora... A nossa língua tem subtilezas que encantam.

Por outro lado, esta sua possibilidade de matizes dá como resultado que surgem discrepâncias entre os lexicógrafos, dada a falta de uma entidade que presentemente uniformize a grafia em Portugal (como existe noutros países, nomeadamente no Brasil, com o completo Vocabulário da Academia Brasileira de Letras, de 1998, e já houve entre nós com o completo Vocabulário de 1940 da Academia das Ciências de Lisboa). Os dicionários são feitos por pessoas conscienciosas, mas não normativizam: limitam-se a registar o uso, e, na falta de orientação geral, apresentam o seu parecer particular.

É o caso das palavras com o prefixo co-. Repare nos exemplos: Dicionário da Academia: co-ocorrer e cooptar; Houaiss-port.e: coocorrer e co-opositor.

Para evitar este desacerto, o Acordo Ortográfico de 1990 estabelece que o prefixo co- passe a ser sempre aglutinado (mesmo quando o segundo elemento começa com o (ex.: {coopositor} e salvo quando começa com h, ex.: co-herdar). Pessoalmente, embora defenda o novo Acordo por uma questão de uniformização da língua, penso que é abusivo avançar com as suas prescrições enquanto não entrar oficialmente em vigor, para evitar o risco de desagregação na grafia. Exce(p)to em palavras novas.

Ora a palavra co-ocorrer ou coocorrer não aparece dicionarizada no Vocabulário da Academia das Ciências de Lisboa, de 1940, nem ainda no Grande Dicionário da Sociedade da Língua Portuguesa de 1991. Como palavra nova, teve diferente tratamento no dicionário da Academia, 2001, que seguiu ainda a tradição, e no Houaiss-por.e, mais recente, que terá decidido neste caso aplicar já o novo Acordo. Decisão com que concordo: coocorrer, coocorrência.

Ao seu dispor,