Assumamos que se escreve com hífen hetero-avaliação (o dicionário da Academia das Ciências assim indica, mas o brasileiro Houaiss deixa perceber que pode não ser assim). Se assim é, há duas opções:

a) ou se escreve, para evitar a repetição de um elemento compositivo, a sequência «auto- e hetero-avaliação»;

b) ou se prefere a forma «auto-avaliação e hetero-avaliação».

A opção a) parece-me imitar um processo muito frequente na língua inglesa (por exemplo, «pre- and postwar»), pelo que calculo que não seja lá muito da predilecção dos mais ciosos do vernacular. Por isso, recomendo «auto-avaliação e hetero-avaliação», apesar da insistência no segundo elemento. Não aconselho «auto- e hetero-avaliações», porque não vejo que estes prefixos sejam como determinantes, semelhantes a primeiro e segundo em «primeiro e segundo classificados».