Sem mais contexto a acompanhar as expressões em causa, é difícil explicar exactamente o que se passou. Mas calculo que, relativamente a «associação dos estudantes» e «junta da freguesia», deve ter mudado um pouco a perspectiva em que se encaravam os estudantes e a freguesia: antes tratava-se de indicar que esses estudantes e essa freguesia já estavam identificados e eram conhecidos — são uns certos estudantes e uma certa freguesia. O uso veio a impor a omissão do artigo nas referidas expressões, tornando-as mais genéricas e dando-lhes uma função muito semelhante à de um adjectivo: «associação de estudantes» = «associação estudantil».1
A alternância entre «concelho da Chamusca» e «concelho de Chamusca» é de outra ordem, porque se prende com o uso de artigo definido com topónimos. O uso de artigo indica normalmente que o nome de lugar tem origem num substantivo comum. José Pedro Machado, no Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa, considera que Chamusca tem origem no substantivo comum chamusca, o que explicaria o artigo definido associado. Regista ainda Chamusco, também um substantivo comum convertido em topónimo, e atesta o seu uso com artigo definido (Monte do Chamusco).2 Assim, concluo que Chamusca se tem usado com artigo definido («a Chamusca»).
Mas arrisco uma explicação para a perda de artigo em «concelho de Chamusca», que não considero melhor que «concelho da Chamusca». Penso que a supressão do artigo é, para muitos falantes, sinal de prestígio, uma vez que muitos nomes de cidades e vilas se usam sem artigo por não terem origem em nomes comuns (Lisboa é um bom exemplo, apesar de «o Porto» ser um bom contra-exemplo: tem artigo e nem por isso deixar de ter prestígio). Sugiro, pois, que a expressão «concelho de Chamusca» seja encarada como o resultado de uma estratégia tendente a dignificar, supostamente, a sede do concelho, podendo o uso ter-se espalhado por entre os seus habitantes.
1 Não existe adjectivo que signifique «relativo a freguesia».
2 Machado não explica as condições em que condições chamusca e chamusco se tornaram nomes de lugar. Ambas as palavras podem significar «acto de chamuscar», mas chamusca é sinónimo de chamusco, que pode referir outras realidades, a saber (cf. Grande Dicionário da Língua Portuguesa, de José Pedro Machado): «cheiro de coisa chamuscada»; «suspeita de perigo»; «tiroteio de forças em combate»; «molho de palha que se faz arder sobre o corpo de um animal, normalmente um porco»; «espécie de urze»; «planície elevada, chapada». Os dois últimos significados, por nomearem aspectos da paisagem natural, podem bem ter favorecido a conversão dos substantivos em causa em topónimos. Mais haverá a dizer, mas tal será prosseguir uma investigação que não é aqui pedida.