Se disser «ano lectivo de 2004», a sua expressão é inatacável, pois essa preposição sempre esteve presente na forma como nos referimos aos anos. No entanto, a partir do ano 2000 (repare que não escrevi «do ano de 2000», embora pudesse ter escrito), parece que nos soou bem a todos esta forma mais telegráfica, deixando cair a habitual preposição de.
Não lhe sei explicar porquê, mas já reparou que há anos que nos soam melhor com de, enquanto outros nos pedem para não usarmos a preposição?
Por exemplo: «Ciberdúvidas está em linha desde o ano de 1997.»
«O arqueólogo encontrou uma peça presumivelmente do ano 3 d. C.»
Neste caso concreto, é melhor usar a preposição, por causa do adjectivo «lectivo».