O Dicionário Houaiss regista glicósido. Não regista aminoglicósido (esdrúxula) nem aminoglicosido (grave).
Regista, no entanto, acético e aminoacético, ácido e aminoácido.
Penso que, logicamente, deve ser glicósido e aminoglicósido.
O uso da língua, porém, não se subordina à lógica: os falantes vão escolhendo as palavras que mais se adequam ao fim pretendido. Como já apareceu registado aminoglicosido num dicionário de termos médicos, significa que a palavra também é usada sem acento. Assim, proponho aminoglicósido, como solução preferencial, e aminoglicosido, como variante possível, mas menos aconselhável.