Tudo o que pesquisei sobre a origem de pebolim indica origem desconhecida.
A título de curiosidade, já que não consegui responder ao que me pediu, o jogo possui os seguintes nomes nos países abaixo:

Argentina: "Metegol"
Estados Unidos: "Foosball"
Brasil: "Pebolim", "Totó"
Turquia: "Langirt"
Canadá: "BabyFoot"
Bélgica: "Kickeren"
Itália: "Calcetto"
França: "BabyFoot"
Grã-Bretanha: "Table Football"
Chile: "Taca"
Finlândia: "Pöytäfutis"
Holanda: "Tafel voetbal"
Alemanha: "Tischfussball Spielen"
Noruega: "Fotball Spill"
Rússia: "Nastonyi Football"
Hungria: "Csocso"
Malta: "Comba"
Portugal: "Matraquilhos, matrecos"
Israel: "Carduregel, shulchan"
Croácia: "Stolni Nogomet"
Dinamarca: "Bordfodbold"


N.E.- Posteriormente a esta resposta, a nossa consultora Eliene Zlatkin apurou a hipótese de a palavra pebolim ter-se formado de pé + bolinha, que por corruptela virou pebolim.