No capítulo 15 da 5.ª edição do livro A Gramática para Concursos Públicos, além de registrar «só que» como locução conjuntiva adversativa, diz o gramático Fernando Pestana:
«Segundo os linguistas Ataliba T. de Castilho e Sanderleia Roberta Longhin-Thomazi e os dicionários Aulete e Houaiss – para citar alguns –, modernamente a expressão SÓ QUE vem sendo considerada uma locução conjuntiva adversativa, "que promove uma quebra de expectativa e introduz a informação mais importante no enunciado".» (p.464)
Por ser uma locução aparentemente nova, pode ser que, com o tempo, novas gramáticas a registrem.
Sempre às ordens!