Trata-se de um topónimo cuja configuração permite as duas grafias, com e sem hífen. Por outro lado, é um topónimo raramente utilizado, o que reforça alguma indefinição na sua ortografia.

Mesmo assim, a forma sem hífen – Porto Novo – é a recomendável pela razão de constar de duas fontes credíveis: o código de redação para uso do português na União Europeia; e o Vocabulário Onomástico da Língua Portuguesa da Academia Brasileira de Letras.

Outros topónimos existem que têm o mesmo nome, escrito também sem hífen, conforme se regista no Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa, de José Pedro Machado.