A palavra Apocalipse (com inicial maiúscula) é, em religião, o «último livro do Novo Testamento, que trata das revelações que Deus fez a S. João Evangelista e anuncia a vitória de Cristo e da Igreja sobre os seus perseguidores»; ou (com inicial minúscula) «cataclismo; desgraça». Este vocábulo vem «do gr[ego] apokólypsis, "revelação", pelo lat[im] apocalypse-, "id."».

O vocábulo profecia significa «prognóstico; vaticínio» ou «predição do futuro por inspiração divina; oráculo». A palavra vem «do gr[ego] propheteía, "acção de predizer", pelo lat[im] prophetĭa-, "profecia"».

Assim, a diferença parece clara: apocalipse é, regra geral, «cataclismo» ou «desgraça», enquanto a profecia não passa, de forma também geral, de um «prognóstico» ou «vaticínio».

[Fonte: Dicionário da Língua Portuguesa 2008, da Porto Editora.]