Parece-me que a sua confusão resulta de não dar às letras o seu nome oficial. Com efeito, erre tê pê (RTP) corresponde exactamente à sua designação no alfabeto, bem como gê ene erre está certo para GNR. O nome do S é esse, o de P é pê e o de G é gê. Não há em português nenhuma letra cujo nome acabe em e mudo (como em que, me, te, etc.).
Existem, contudo, as designações rê, fê, lê, mê, menos correntes.
Obs.– O nome do G, no diagrama gu, é guê-u.