Sim, boas-noites tem hífen, porque boa-noite também, quando se trata de forma de cumprimento, como na frase apresentada; e também quando é nome de ave.

Mas não noutros casos, como por exemplo neste: «Hoje está uma boa noite». Tanto assim, que podemos dizer em determinadas circunstâncias: «Hoje está uma noite boa». E nunca «noite-boa» como forma de cumprimento.