Emirado é a grafia preferível, assim registada em todos os dicionários luso-brasileiros ao nosso dispor. A excepção é a última edição (oitava) do da Porto Editora, onde se inclui já, também, a forma emirato.
A palavra vem de emir (do árabe “amir”) + o sufixo correspondente a dignidade, cargo; instituição; jurisdição; classe; corporação: -ato ou –ado. Um e outro sufixo são equivalentes, na nossa língua.
Alguns exemplos:
a) -ado: papado, bispado, principado, secretariado, comissariado, matriarcado.
b) -ato: baronato, cardinalato, patronato, orfanato.
O sufixo -ado é mais abundante do que -ato; por isso é mais natural. Mas também há casos de dupla grafia, como vizirato/vizirado. Emirato passou também a sê-lo por força da errada pronúncia (e escrita) na comunicação social.
Por isso, parece-me preferível a grafia emirado.