Recomenda-se síndrome ou síndroma, sempre esdrúxulas, do género feminino (cf. Dicionário da Língua Portuguesa, da Porto Editora). Também se regista síndromo (cf. Dicionário Priberam da Língua Portuguesa), variante pouco usada, também esdrúxula, mas do género masculino.
1 Daí que se diga «a sida», atendendo a que esta palavra é originalmente o acrónimo de «síndrome de imunodeficiência adquirida».