Se bem percebi, o que pretende é saber se deve ou não usar o prefixo pré- com maiúscula inicial se a palavra a que ele se liga apresentar maiúscula inicial. Se se trata de uma dada designação, escreva Pré-Manifesto: «Pré-Manifesto é o nome da nossa empresa.» Mas se for caso de, por exemplo, se referir a uma época anterior, imagine-se, ao Manifesto Surrealista, deverá escrever «na fase pré-Manifesto».