Ciber não é verdadeiramente um prefixo. É um elemento que extraíram da palavra cibernética para formar outras palavras. Cibernética provém do grego kybernetikê (pelo francês e/ou inglês "cibernétique/cibernetics") e significa a ciência de governar. Prende-se ao verbo grego kybernéo, cujo radical é o kybern. Este verbo significa dirigir; dirigir um navio, pilotar.
Ciberdúvidas é um substantivo formado de ciber + dúvidas e significa uma "página" da Internet que tem por fim "dirigir" os variadíssimos consulentes no que respeita ao melhor conhecimento de certas particularidades da Língua Portuguesa.
Tal como foi a formação de "Ciberdúvidas" o mesmo se passa com ciberespaço e cibernauta. Outras palavras da mesma família: ciberataque, cibercomércio, cibercrime, cibercafé, ciberespacial, ciberpirata, etc., etc.
Sobre este mesmo tema, cf. Como apareceu a palavra cibernauta.
N. E. (20/04/2020) – Acrescente-se o termo cibersegurança, «estado de proteção contra ciberataques ou qualquer atividade criminosa feita através de redes informáticas» e «profissional de empresa ou instituição, especializado em tecnologias de informação e proteção de sistemas informáticos, que tem por principal missão prevenir, detetar e anular ciberataques ou qualquer atividade criminosa feita por via informática» (Dicionário Infopédia da Língua Portuguesa). Observe-se que a palavra se escreve com um só s – cibersegurança – , como acontece com qualquer s siga uma consoante: manso, falso, persa. Não tem, portanto, sentido escrever "ciberssegurança", que é incorreto, porque os dois ss só ocorrem entre vogais no interior das palavras (cf. pessoa, tossir, isso).