Refere-se, com certeza, à ortografia da palavra.
Quanto à proposta do Dicionário da Academia das Ciências de Lisboa, parece-me que, de facto, há uma certa incoerência: se aportuguesaram a terminação para «ã», porque não aportuguesar também o «oi» para «ua», como de resto faz o Dicionário Aurélio? Por outro lado, também não me parece que «cruassã» seja a melhor forma para nomear os tradicionais bolos franceses, já que, apesar de coerente, não é reconhecida pela maior parte das pessoas. Nesta medida, defendo a proposta do Dicionário Houaiss e do da Porto Editora, que referem “croissant” para designar os bolos em forma de crescente.