O que o consulente diz não tem em atenção que, quando a opção por um grafema é etimológica, não significa isso que se tenha de considerar a origem última de uma forma – no caso, talvez Rudolf. Pode também optar-se pela forma e pelos grafemas que, historicamente, documentam o processo de transmissão da forma: o critério de Rodolfo ter o é precisamente devido a este nome ser resultado da adaptação do francês Rodolphe, segundo José Pedro Machado. Sendo assim, o nome do príncipe alemão devia ser Rodolfo, à portuguesa, ou Rudolf, à alemã, e não "Rudolfo".
Acresce que José Joaquim Nunes (JJN) também escreve Rodolfo, sem mencionar a variante "Rudolfo" (cf. Revista Lusitana, 1936, p. 145). Mas acrescenta que «o seu uso entre nós é moderno» – observação que se pode conjugar com a hipótese de transmissão francesa, dado o ascendente cultural que o francês teve sobre o português até meados do século XX.
Por outro lado:
a) há muito tempo que se sabe que as assinaturas permitem manter certas soluções gráficas à margem da norma ortográfica – pode ser essa a situação que motivou a grafia "Rudolfo";
b) não está provado que a forma Rudolfo tenha coexistido com a forma Rodolfo «[n]um vasto caminho desde a antiguidade até um cenário atual», porque, além de o nome não parecer assim tão antigo em português (ver comentário de JJN), a invocação de uma forma do nome científico de uma espécie nada nos diz sobre a etimologia do nome Rodolfo (o latim científico não é o latim das etimologias do léxico comum e de muita da onomástica do português);
c) a maneira de legitimar Rudolfo é fundamentá-la pela força do uso, mas, sendo um nome conhecido, não parece que a variante com u seja assim seja tão frequente (não tem sido, mas a rena Rudolph pode levar pais e crianças a escrever Rudolfo), nem haverá mais Rudolfos do que Rodolfos;
d) a diferença entre a possível variação Rodolfo/Rudolfo não é bem da mesma ordem que os itens lexicais mencionados pelo consulente: "fixe", "email", "online", "bué", "baril", "online", "garçom", "croissant" são itens do léxico comum que surgiram para expressar ou referir novas formas de estar e novas realidades; com os nomes próprios, a perspetiva muda de figura, porque, apesar de haver margem para variação (os acordos ortográficos permitem-na, como já se disse), deve também ter-se em conta a história do nome.
Em suma, a forma "tradicional" (não muito, porque, afinal, o nome até é recente à escala histórica do português) é Rodolfo, e não "Rudolfo", que terá aparecido mais tarde certamente por analogia com o alemão Rudolf e o inglês Rudolph. Isto não significa que os cidadãos assim chamados não possam assinar "Rudolfo" por uma questão de história pessoal e de família. Mas não parece que, por enquanto, a variante (se o é de facto) "Rudolfo" deva figurar, por exemplo, num vocabulário ortográfico que abranja a onomástica. É o que se verifica no Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa, da Porto Editora, o qual inclui formas onomásticas, em que a única forma registada é Rodolfo.
Espera-se que a rena Rudolph não fique assim tão dececionada, até porque, sendo quem é e vindo donde vem, tem todo o direito a usar o nome que entender... :)