Tenhamos presente o seguinte: A vogal e é a desinência do presente do conjuntivo dos verbos regulares de tema em a. Ora o verbo estar é um verbo de tema em a, mas de conjugação irregular. Reparemos, por exemplo, na 1.ª pessoa do presente do indicativo do verbo amar (regular) e do verbo estar (irregular): amo, estou.
E como é irregular, compreende-se a forma esteja.