Pode empregar qualquer uma delas. Depende do que quiser transmitir: «Vamos indo bem» ou «Vou indo bem» = ênfase gradual, progressiva.«Vamos bem» ou «Vou bem» = ênfase no momento em que falamos.

Em Portugal, creio que o mais corrente é: «Vou bem», «Vamos bem», quando estamos de boa saúde; e «Vamos indo», «Vou indo», quando as coisas correm razoavelmente, mas podiam ir melhor.