É cada vez mais costume em Portugal usar-se o conceito de monografia para designar o trabalho de final de curso. Penso que este é, na maior parte dos casos, bem aplicado e deve ser preferido ao conceito e termo tese, e passo a explicar porquê.
O primeiro termo, monografia, refere-se a um trabalho escrito sobre um determinado tema (mono+grafia) e não implica uma verdadeira investigação, cujas hipóteses sejam previamente testadas para serem depois defendidas.
Já o segundo termo, tese, trata-se de um trabalho que se apresenta ou expõe e cujas teorias e resultados é suposto serem defendidos [“thesis” era um nome grego que significava «acção de colocar», e veio para as línguas românicas através do latim significando «argumento, tema ou conclusão mantida por raciocínio»].
Como disse inicialmente, e já que em final de curso, em princípio, deve apresentar-se apenas um trabalho (meramente descritivo, apesar de já ter que se revelar alguma ousadia científica...) sobre um determinado tema, julgo que monografia é o termo que melhor se aplica.