Vejamos, então as frases seguintes:

   a) Ela, sim, chega sempre na hora.
   b) Ela, não, está sempre atrasada.
   c) Não foi ele, não, que nos procurou.

Nas três frases, a vírgula está correctamente posta, porque separa os advérbios sim e não do resto da frase. Separando-os, põe-nos em evidência, dá-lhes relevo, põe em realce a afirmativa sim e a negativa não, que é o que interessa no caso presente.

Na frase b), porém, a separação ou não separação depende do contexto. Se pretendermos afirmar que ela, geralmente, está atrasada, mas nem sempre, escrevemos sem vírgulas:

d) Ela não está sempre atrasada.