O Dicionário da Academia das Ciências de Lisboa tem várias entradas para santinho e uma delas é «santinho, a, com contraste de género. O artigo referente a esta entrada define santinho! como uma exclamação usada para quando se ouve alguém espirrar, dando a seguinte abonação «A menina espirrou. – Santinha! – disse a mãe». Isto pressupõe que santinho!, quando funciona como interjeição, concorda com o género da pessoa a que se refere. Tal e qual, portanto, como com o uso do obrigado/a.
Não tenho conhecimento de que o termo tenha conotação com alguma santa em especial.
