Originalmente, as duas palavras tinham como sentido um significado que diz respeito a superfície. Portanto, originalmente a metáfora seria a utilização de umas dessas palavras para outro campo do conhecimento. A utilização de Região (com inicial maiúscula) para definir um território específico, definido no caso em lei, não altera a origem da palavra.
No entanto, no caso de área ocorre um fenómeno de catacrese. Por força do hábito, torna-se tão comum usar esta palavra para definir o «campo em que se pratica certa actividade» que esta definição passou a ser dicionarizada.
Quanto à questão de saber se a questão deve ser anulada - ou não -, no Ciberdúvidas nós não entramos nesta área. A briga não é nossa.
