Este assunto não cabe nas respostas habituais do Ciberdúvidas, porque exige uma explicação demasiado longa. Vejamos, pelos exemplos que seguem, o que seria necessário explicar apenas para esclarecer o fonema /x/ das palavras começadas por ch, das quais apresentamos alguns exemplos:
Chave < latim clave(m)
Chegar < latim plicare
Choupo < latim poplu(m)
Chávena < do malaio chavan ou do chinês cha-kvan.
Cada exemplo destes exige uma explicação. Mas temos também o ch no interior das palavras.
E o fonema /x/ representado por x e por s? As várias explicações da origem deste fonema dariam, talvez, para um livrito.