Ambos estes verbos estão bem formados:

a) Prototipificar - De protôtipo + -ficar, sufixo de origem latina (ficare) = acção factitiva, isto é, acção de fazer, tornar, transformar em.

b) Prototipar - De protótipo + -ar, terminacão para formar verbos de tema em a a partir de substantivos e de adjectivos. Indica uma acção correspondente ao sentido da palavra a que se junta.
Ambos os verbos significam o mesmo: fazer criar protótipos. Prototipar tem a vantagem de ser vocábulo mais curto.

c) Prototipificação é formada de prototipificar + -ção, sufixo de origem latina (-tione). Tem a ideia de acção - acção de prototipificar.

d) Prototipagem - Se admitirmos o verbo prototipar, podemos formar a partir dele o substantivo prototipagem, de prototip(ar) origem latina (-agine). Significa, neste caso, acção de - acção de prototipar.

A semelhança com o francês nada tem de condenável, uma vez que tais palavras estão formadas de acordo com as regras da língua portuguesa.