Há nomes de cidades que são apenas do género masculino; outras apenas do género feminino. Em Portugal, temos o Porto e a Figueira da Foz: O Porto é bonito, a Figueira da Foz é bonita. No Brasil diz-se: o Rio de Janeiro é bonito.
O nome Coimbra verdadeiramente não tem género, mas dizemos: Coimbra é bonita, no feminino. Compreende-se: é bonita a cidade de Coimbra. Isto é, ao pronunciarmos Coimbra, subentendemos a palavra feminina cidade. Dizemos o Rio de Janeiro é bonito, mas: a cidade do Rio de Janeiro é bonita.
Julgo que não vale a pena apresentar mais exemplos. Mas se permanecerem dúvidas, o "Ciber" está ao vosso dispor.
Quanto a Petrópolis… não sei se os Brasileiros dizem a Petrópolis ou o Petrópolis, ou se não dizem o nem a.
Como não vivo no Brasil, não sei se os Brasileiros dizem o Petrópolis ou a Petrópolis. Se dizem a Petrópolis, o correcto será dizerem que "não se pode negar que Petrópolis é bonita."