É pé-coxinho (com iniciais minúsculas e hífen). Coxinho é o diminutivo de coxo. Coxo significa «que anda inclinando-se para um dos lados, por ter uma perna mais curta do que a outra, por ter dores numa perna, num pé...» ou «diz-se da perna que claudica por ser mais curta do que a outra, ou da perna ou do pé que estão doentes ou deformados». Também pode ser o «que tem falta de uma perna, de um pé... ou que tem uma perna ou um pé mais curto do que os outros». E ainda «que é imperfeito ou que não está completo, equilibrado ou bem feito» (in Dicionário da Academia das Ciências de Lisboa). 

N. E. (4710/2016) – Alterou-se a ortografia de pé-coxinho, que tem hífen, tanto conforme o Acordo Ortográfico de 1945, como no âmbito do Acordo Ortográfico de 1990.