O indulto e a comutação de penas são actos de clemência próprios do Presidente da República historicamente, 'indulgentia principis', ou seja, clemência do soberano). O indulto em sentido amplo abrange o perdão e a comutação da pena. Em sentido restrito, indultar significa perdoar a um condenado a totalidade ou parte da pena. Comutar significa substituir uma pena por outra menos grave.

Diversos do indulto e da comutação [actos de clemência incidentes sobre a pena aplicada efectivamente a determinada pessoa] são o perdão genérico [acto de clemência incidente sobre toda uma categoria de penas] e a amnistia [acto de clemência incidente sobre o próprio procedimento criminal em relação a certos crimes]. O perdão genérico e a amnistia são atribuições da Assembleia da República.