Os dicionários de português do Brasil registam gaita de foles (cf. Dicionário Aurélio – Século XXI) e gaita-de-foles (cf. Dicionário Houaiss).
Os dicionários de português europeu registam gaita-de-foles (cf. Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea e Grande Dicionário da Língua Portuguesa).

Se é a forma com s que se encontra registada nos dicionários, é essa que devemos considerar correcta, ainda que dialectalmente possa ser usada a forma “gaita-de-fole”.

No que respeita à terminação ‘is’ do latim, não se pode considerar que esta se tenha mantido no português. À semelhança do que aconteceu com outras línguas românicas, a palavra ‘follis’ perdeu a terminação (is): a forma que se encontra dicionarizada é fole e não foles.

Quanto ao uso dos hífenes, a maioria dos dicionários regista a palavra gaita-de-foles com hífen. Note-se, no entanto, que neste tipo de compostos cujos elementos são ligados pela preposição de não existe uma regra fixa de aplicação do hífen. Existem vários compostos do mesmo tipo em que não se usa hífen (cf. casa de banho, sala de estar) e outros em que se usa o hífen ( cf. gaita-de-beiços, gaita-de-boca).

Uma das prováveis teorias é a de que eruditos da cena urbana tenham acrescentado o s em fole por referência aos instrumentos de ar frio, as quais usam um fole mecânico para insuflar a bolsa (feito as musetas), enquanto outros acreditam que a corruptela faz referência à forma latina do termo: ‘follis’.