Frase apresentada:
Foram-se as dúvidas.
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O verbo ir nem está como transitivo directo nem como transitivo indirecto. O verbo ir é intransitivo.
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O se não é, nem pode ser partícula apassivadora, porque o verbo ser é um verbo neutro, isto é, o sujeito não pratica nem recebe nenhuma acção, porque o verbo ser não significa acção.
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Sim, o sujeito é dúvidas.
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Em ei-los, não há conjugação, porque não há verbo. Mesmo que houvesse, não é correcto falarmos de conjugação em presença duma só forma verbal.
Ei-los provém de eis-los, em que eis é um advérbio e los a forma antiga do pronome os.