É entubação (de entubar + -ção), porque se trata de «acto ou efeito de entubar». Todos os dicionários consultados registam entubação, e só um, o Houaiss, também regista intubação, mas considera-a «forma não preferível de entubação». E este mesmo dicionário traz ainda o verbo intubar, igualmente como «forma não preferível de entubar».