De facto, às vezes depara-se-nos a grafia incarnação, mas a forma dicionarizada, quer em dicionários modernos quer antigos, é encarnação, do latim incarnatione(m). O mesmo na palavra da mesma família: encarnar.
No "Catecismo da Igreja Católica", encontramos também encarnação; e o mesmo nos dicionários de exoterismo. É esta, pois, a forma que devemos empregar.