O correcto – ou melhor, o que é uso local, em Alqueva, e, portanto, o que deve prevalecer – é sem artigo. É assim que dizem os habitantes ou naturais de Alqueva: «vivo em Alqueva», «vou a Alqueva»; Junta de Freguesia de Alqueva.
Segundo a história desta frequesia do concelho de Portel, no Alentejo, já em 1262 era assim: «S. Laurentii de Alqueva».
A indevida anteposição do artigo no masculino, no caso em apreço – assim como noutros (basta uma busca pela Internet para confirmar a sua generalização até no nome da empresa responsável pela barragem homonima…) –, poderá ter que ver com o erro de se associar a Alqueva um rio com esse mesmo nome. Nada mais falso: o rio da barragem é o Guadiana.
Portanto: barragem de Alqueva (porque se situa em Alqueva).
Logo, devia ser, «Empreendimento de Fins Múltiplos de Alqueva», etc.