À luz do novo Acordo Ortográfico, deve escrever-se: ecoescola, tal como já se escrevia antes do AO.

Conforme indicado na Base XVI, artigo 2.º, alínea b), não se emprega o hífen:

«Nas formações em que o prefixo ou pseudoprefixo termina em vogal e o segundo elemento começa por vogal diferente, prática esta em geral já adotada também para os termos técnicos e científicos. Assim: antiaéreo, coeducação, extraescolar, aeroespacial, autoestrada, autoaprendizagem, agroindustrial, hidroelétrico, plurianual.»