Efectivamente, o uso da preposição com com o verbo discordar não está correcto e contraria, de algum modo, o sentido do verbo. Com efeito, duas pessoas que discordam uma da outra deslocam-se em sentidos, se não opostos, pelo menos diferentes. Ora, a preposição com encerra em si uma ideia de companhia, de caminho comum, de concordância, se quisermos. Assim, a frase correcta é, como a consulente assinala, «na reunião, discordaram da maneira como ela foi orientada».