O Dicionário Eletrônico Houaiss regista os dois termos: hipoalergénico e hipoalérgico. O primeiro, adjectivo da área da farmacologia, significa «que ou o que provoca poucas reações alérgicas (diz-se de substância)», a exemplo de «creme hipoalergénico» e «sabonete hipoalergénico»; o segundo (adjectivo e substantivo da área da imunologia) quer dizer «que ou quem apresenta poucas reações alérgicas».

Perante isto, embora o dicionário se incline para hipoalergénico, também me parece aceitável dizer, por exemplo, «creme hipoalérgico». Em Portugal, pelo menos, é o mais usual.