Como desconhecemos quais são as tarefas que competem a este Centro de Referência, não é possível darmos uma opinião definitiva sobre a preposição mais adequada.

A preposição de tem vindo a alargar o seu âmbito e, por isso, corremos o risco de a usarmos em situações pouco definidas.

Em contrapartida, a preposição em indica normalmente o espaço, o tempo e a noção. Exemplos:

a) Ele está em casa.
b) Tudo aconteceu em 24 horas.
c) Iguais em tudo.

A preposição em concretiza e define melhor as situações.

Por isso, parece-nos ‘a priori’ preferível a forma Centro de Referência em Educação Ambiental.