O substantivo bataria é precisamente o mesmo que bateria. Mas bataria pertence à linguagem popular, ao passo que bateria pertence à linguagem culta. É originária do francês «batterie», pancadaria, briga, toque de tambor; fecharia (de arma de fogo); crivo. E «batterie» provém do verbo, também francês, «battre», bater, espancar, rufar (o tambor); baralhar (as cartas), etc.
A forma preferível é bateria.