São correctas ambas as designações. Mas há diferença no significado:

Fruta pode significar um só fruto. Pegamos numa pêra e dizemos:

(a) Toma lá esta fruta, que está madura.

Mas fruta é geralmente um substantivo colectivo. E então:

Pode significar um conjunto de frutos da mesma espécie:

(b) A fruta desta banca são peras.

Pode significar um conjunto de frutos de várias espécies:

(c) A fruta desta banca são peras, maçãs, laranjas e pêssegos.

Em conclusão:

Quando não aludimos à variedade das espécies dos frutos, dizemos, geralmente, banca de fruta:

(d) Fui ao supermercado e vi lá uma banca de fruta cheiinha.

Quando queremos aludir à variedade das espécies de frutos, geralmente dizemos:

(e) Fui ao supermercado e vi lá uma banca de frutas por onde podíamos escolher à vontade.

Mas também diremos banca de fruta, principalmente se mencionarmos as espécies de frutos:

(f) Fui ao supermercado e vi lá uma banca de fruta: de peras, maçãs, pêssegos, laranjas, etc.

É claro que tudo isto não são regras absolutas. Cada um dirá conforme o que deseja significar e o que sentir.