Anotar e notar são sinónimos no sentido em que ambos significam tomar notas, fazer apontamentos. No entanto, no âmbito da música, da matemática ou da química, por exemplo, notação significa um «sistema de representação gráfica de elementos de determinado campo científico». Isto é, em determinados campos científicos, «fazer notação» significa «anotar com recurso a símbolos específicos».

Bibliografia:

Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa