Segundo José Pedro Machado, no Dicionário Onomástico Etimológico, o topónimo Nine terá evoluído a partir de um nome próprio, ‘Ninnus’?, talvez ligado ao nome latino ‘Ninna’, que surge em algumas lápides romanas. Outra hipótese levantada por J. P. Machado é a de que Nine deriva do céltico, dada a sua semelhança com a palavra galesa "nen", que significa «céu», «tecto». Esta origem supõe que o topónimo designasse inicialmente elevações do terreno.
Devo acrescentar que já me foi transmitida uma outra versão, que me parece constituir um caso de etimologia popular. Conta-se que Nine deveria o seu nome à forma do numeral inglês “nine”, nove. Esta estranha explicação estaria ligada à participação de técnicos ingleses na construção do caminho-de-ferro nessa região. Nine seria então o quilómetro 9 de uma linha de comboio/trem…