A origem deste nome é obscura. José Pedro Machado, no seu Dicionário Onomástico Etimológico, sugere que se relaciona com Bálsamo, antigo nome do rio em apreço, mas não estabelece claramente respectiva a etimologia. Parece relacionar-se com palavras com que começam com o elemento "bals-", que terá  o sentido genérico de «relativo ao que é húmido» e «lugar húmido»: balsa, «charco», balsa, «jangada», balseiro, «relativo a balsa». O substantivo comum bálsamo terá outra origem: «do gr. bálsamon, "bálsamo, arbusto"».