O apelido/sobrenome Guerra pode ter origem no substantivo comum guerra, mas José Pedro Machado, no Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa, tem outra opinião, propondo que, relacionado com linhagens nobiliárquicas, o nome tenha origem basca:
«Os troncos [...] [com que se relaciona Guerra] irradiaram das regiões bascas do país vizinho, sendo a mais conhecida (ou, se se preferir, a mais ilustre) ligada ao infante D. João, filho do nosso rei D. Pedro I e de D. Inês de Castro. É que esta, segunda [sic] parece, descendia daquele Énhego Ezguerra ou Esquerra, Enheguez guerra do 4.º Livro de Linhagens, reproduzido em Script. (p. 259) [o autor refere-se ao Portugalliae Monumenta Historica]; lembro este passo de F[ernão] L[opes], P. [= Crónica de D. Pedro] relativo a Castros: "... Dona Johana de Castro, filha de D. Pedro de Castro, que chamarom da Guerra» [...]. Esquerra [...] é voc[ábulo] basco que significa em cast[elhano] el zurdo (= prt. "o canhoto"; cf. esquerdo, também de origem euscara). Esguerra, por Esquerra, ou Guerra, por estar ligado ao Canhoto, isto é, ao Diabo, porque sua mãe, a célebre Dona (a que Herculano chamou Dama) Pé-de-Cabra impusera a D. Diego Lopes a ausência do sinal da Cruz para consentir no "casamento" de ambos ("um casamento da mão esquerda"). O 4.º Livro de Linhagens traz, no fim do episódio, Pé-de-Cabra sob forma masculina, seduzir mulheres: seria, pois, demónio súcubo e íncubo: "E alguuns ha em Bizcaya que disserom e dizem oje em dia que esta sa madre de Enhego ezguerra que este he o coouro (= cobra = Diabo) de Bizcaya" [...]. E a este tronco ficaram ligadas várias famílias, entre as quais a dos Filipes, monarcas de Castela [...]. Por influência homofónica e pela distinção social que julgava obter com o uso de tal voc[ábulo] como apel[tivo], Guerra acabou por substituir Ezquerra, Esguerra [...]. Por vezes aparece precedido pela contracção da: D. Luís da Guerra e D. Fernando da Guerra (séc. XV), filhos bastardos de D. João , filho de D. Pedro I e de D. Inês de Castro [...]; o uso continuou: no século XVI, D. Francisca da Guerra em G[il] V[icente] [...]; [e] modernamente [...].»
Não obstante esta tese, o apelido/sobrenome Guerra e uma variante no plural, Guerras, podem também ter origem numa alcunha, conforme assinalam Francisco Martins Ramos e Carlos Alberto da Silva numa lista de apelidos oriundos de alcunhas no Tratado das Alcunhas Alentejanas [Lisboa, Edições Colibri, 2003, pág. 50 e s. v. Guerra(s)].
