O apelido Nunes tem origem num patronímico medieval Nunez, que significa «filho de Nuno». Quanto a Perna, segundo José Pedro Machado, no Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa, trata-se de antiga alcunha, com origem no substantivo feminino perna. A palavra existe também como topónimo, cuja origem, de acordo com o mesmo autor, talvez se encontre no substantivo feminino perna, embora também proponha «[...] se trate de voc[ábulo] diferente, adaptado a perna por etimologia popular, proventura [sic] pedra, tornada pêra [...] e depois, como em Perna Chã e Perna Negra, teria havido imposição do mais vulgar perna.»1
1 Por lapso, o autor escreveu "proventura" em lugar da forma correcta, porventura.