As palavras têm formas distintas por motivo etimológico.

A palavra dificultar vem do latim difficultas. Porém, a palavra facilitar passou por um estágio adicional: vem de faciliter, do francês, que aí sim vem do latim facilis (fácil).

Então, a forma sem a vogal u deriva dessa passagem da palavra pela língua francesa, antes de chegar à nossa.