O nome não tem um domínio próprio na TLEBS. O que me parece que a consulente quer dizer é que o nome, o adjectivo, o verbo, entre outras classes morfossintácticas, constituem um domínio próprio, o das classes de palavras.
Já aqui se disse que a morfologia é, na TLEBS, o domínio que apenas descreve a estrutura interna das palavras e os processos de variação e formação das mesmas. Digamos que as classes de palavras são conjuntos de palavras que têm determinadas características morfológicas e sintácticas [morfossintácticas].
Por exemplo, um nome pode ter formas de masculino (menino) e feminino (menina), de singular (menino/menina) e plural (meninos/meninas), o que constitui indício de que é uma unidade que pode ocorrer como núcleo de um grupo nominal («a menina») em constituintes sintácticos como o sujeito («a menina chorou), de complemento directo («viram a menina»), de complemento indirecto («deram uma boneca à menina») e ainda ser seleccionada por uma preposição, fazendo parte de um complemento preposicional («bateram na menina). Um verbo, por seu lado, tem um tipo de flexão que lhe é próprio, isto é, apresenta “terminações” (sufixos) que acumulam os valores de tempo, modo e aspecto, bem como os de pessoa e número («cantavam»); então, só poderá ocupar uma posição no grupo verbal dentro do predicado («eles cantavam o hino»).
Quanto a saber se a marca de género faz parte da flexão nominal, é verdade que a TLEBS considera que a marcação de género é uma categoria não flexional (ver subdomínio “Morfologia, B2.4.1.1.”). A explicação para esta perspectiva encontra-se em Mateus et alii 2003 (Gramática da Língua Portuguesa, Lisboa, Editorial Caminho, págs. 930/931): o contraste de género é uma categoria morfossintáctica não flexional, porque «os tradicionalmente chamados “morfemas de género” dos adjectivos e nomes do português não têm qualquer relação com o género (nem com a flexão), mas sim com a classe temática a que cada palavra pertence» (idem).