Não é seguro que a expressão tenha origem no uso referido na consulta, mas essa é, na verdade, uma das explicações.
Por exemplo, Orlando Neves (1935-2005), no seu Dicionário de Expressões Correntes (2.ª edição), regista o seguinte comentário:
«Favas contadas – Coisa certa, segura. Na Grécia, em tempos de Plutarco, nas eleições políticas os votos eram dados por meio de favas, as quais, depois de contadas, indicavam os vencedores.»
É possível que as favas fossem utilizadas na contagem em geral, como se propõe na explicação da expressão espanhola correspondente, «habas contadas», ainda que esta não tenha o mesmo significado que em português, porque se refere a situações de grande escassez1:
«SON HABAS CONTADAS. Se aplica esta expresión a las cosas que son número fijo y, por lo general, escaso. En la antigüedad era costumbre hacer las cuentas domésticas con alubias, así como fiar a estas, en su doble calidad de blancas y negras, las pruebas de suerte mediante su extracción» [tradução livre: «SÃO FAVAS (FEIJÕES) CONTADAS. Aplica-se esta expressão às coisas em número fixo e geralmente escasso. Na antiguidade era costume fazer as contas domésticas com feijões ou utilizar duas qualidades deles, branca e negra, para tirar alguma coisa à sorte.]
Acresce que, em espanhol, haba pode ser palavra entendida como o mesmo que um tipo de feijão (cf. dicionário da Real Academia Espanhola). Refira-se também que, em Espanha, nas regiões de língua asturiana, faba designa um tipo de feijão (faba asturiana) com o qual se confeciona a tradicional fabada, que não inclui favas.
A ideia de escassez, em espanhol associada a haba, parece encontrar algum eco no uso da palavra portuguesa feijão em expressões que aludem à ausência de dinheiro como «trabalhar a feijões» («trabalhar sem receber paga») e «jogar a feijões» («jogar sem ser a dinheiro»), também registadas por Orlando Neves.
1 Juliana Panizo Rodríguez, Cuarenta Dichos Populares, Biblioteca Virtual Miguel de Cervantes.