Eu não diria que os dicionários em causa não "permitem" o uso de mergulhar como transitivo indirecto. O que neles se faz é considerar não obrigatório o constituinte que indica o lugar onde se mergulha. Por outras palavras, esses dicionários atestam o uso de mergulhar com constituintes que marcam lugar, mas a estes não é dado o estatuto de complementos. Não sendo complementos, trata-se de adjuntos adverbiais, e o verbo mergulhar acaba por ser classificado como intransitivo, à semelhança dos verbos nadar, correr, brincar.