Há palavras em português que já tiveram um género gramatical diferente?

Sim, com efeito, o género das palavras é algo convencional, uma vez que em poucas situações este corresponde ao sexo natural das entidades extralinguísticas (quando estas o têm). Por esta razão, a atribuição de género aos substantivos não tem qualquer fundamento de natureza lógica e baseia-se essencialmente na tradição associada aos usos e à norma. Assim sendo, não existe uma justificação para o facto de a palavra mesa ter género feminino ou a palavra carro ter género masculino.

Esta arbitrariedade na atribuição de género às palavras fica patente na comparação entre línguas. Por exemplo, mar é masculino em português e feminino em francês; sal é masculino em português, mas feminino em espanhol.

No interior das próprias línguas pode, numa perspetiva diacrónica, existir arbitrariedade na atribuição do género. Assim, como explica Evanildo Bechara, na sua Moderna Gramática da Língua Portuguesa, palavras como fim, planeta, cometa, mapa, tigre ou fantasma, que hoje são do género masculino, já foram femininas, ao passo que árvore, tribo, catástrofe, linguagem ou linhagem já foram masculinas, sendo atualmente femininas.  

Áudio disponível aqui:

[AUDIO: Carla Marques_Género]