Não sou médico e, portanto, o meu parecer é meramente linguístico.
O dicionário Aurélio regista:
Digestivo: «Relativo à digestão, que facilita a digestão», etc.
Digestório: «Que tem a propriedade ou o poder de digerir.»
De acordo com estas definições, compreende-se que no Brasil possam ter optado pela estrutura `sistema digestório´.
Os dicionários portugueses Universal da Texto e Porto Editora também assinalam estas diferenças, mas `quer o da Texto, quer o ACL 2001, quer o Houaiss-port.e. recente´ registam `aparelho digestivo´ ou `sistema digestivo´ e não digestório.
O vocábulo digestório nem aparece registado no dicionário da Academia. Assim, penso que são estas as expressões que estão oficializadas em Portugal.
Se algum dos nossos correspondentes tiver melhor opinião, fundamentada, agradecemos que nos escreva.

Ao seu dispor,